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SCIENTIFIC RESEARCH SERVICES
科研服務
TUMOR IMMUNE RNA SIGNATURE
腫瘤免疫RNA檢測
RNA Signature (by nCounter)

1、產品介紹:


背景:


分子層面上有兩大類生物標志物,一類是DNA標志物,一類則是RNA——多基因表達情況的組合,RNA Signature,源自于基因表達譜的研究。

基因表達譜Gene Expression Profiling, GEP:代表細胞或組織基因表達情況(包括特定基因是否表達、表達豐度、不同組織、不同發育階段以及不同生理狀態下的表達差異)。通過一次性測定大量基因構建起細胞功能的總體態勢圖,可以從圖譜中區分出正在分裂的細胞,以及細胞對于特征性治療的反應。基因表達譜還有助于了解疾病的發病機制、藥物的生理反應和治療效果。

而RNA Signature是一種特定的GEP組合,通常是在科學研究或臨床實驗中發現的,是某一類細胞或組織中具有獨特表達模式的單基因或多基因集合,通常與細胞或組織的生理過程以及病變狀態相關。RNA Signatures常用于疾病診斷、分型、療效預測或預后預測。顯示出了生物標志物的特性。

 

服務內容:


RNA檢測(by nCounter)以及相關信息分析


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檢測平臺:nCOUNTER SPRINT


Nanostring nCounter Sprint為800多個目標基因表達的檢測提供了一種高效的自動化解決方案,且具備良好的準確度、精密度。

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檢測技術優勢:


√ qPCR的準確性

√ RNA-Seq的通量

√操作便捷性

√ 樣本友好-FFPE、新鮮樣本

√ 精密度極高:批間差、室間差小

√無逆轉錄和PCR帶來的系統性偏差

√看家基因:歸一化分析

 

性能


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檢測技術路線:液相雜交技術


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實驗工作流程


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分析內容


a. Fastq數據質控

b. 數據比對質控

c. mRNA表達定量分析

d. mRNA表達聚類分析

e. 樣本間相關性分析

f. mRNA差異表達分析

g. 差異表達基因功能富集分析

h. 免疫相關Signature分析

i. 免疫微環境分析

j. 腫瘤炎癥特征分析

k. 可變剪接分析

l. SNV/InDel分析

m. 融合基因分析


應用領域

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腫瘤免疫領域舉例:


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樣本類型/要求

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服務類型

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RNA Signature價值舉例

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