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技術(shù)平臺
裕策核心技術(shù)——新生抗原預(yù)測

新生抗原(Neoantigen)是連接腫瘤基因組和T細(xì)胞免疫反應(yīng)的橋梁,是實(shí)現(xiàn)腫瘤精準(zhǔn)免疫“診”“療”產(chǎn)品轉(zhuǎn)化的關(guān)鍵。


高質(zhì)量新生抗原預(yù)測算法——TruNeo?
TruNeo?涉及的分析內(nèi)容

整合多種方法進(jìn)行結(jié)果的交叉驗證是裕策特有的

檢測missense抗原肽
外顯子檢測
MHCII親和性檢測
檢測splicing抗原肽
clonal預(yù)測
肽段同源性預(yù)測
檢測Frameshift/Non-frame shift lnDels抗原肽
計算表達(dá)豐度
neoantigen數(shù)據(jù)庫
檢測Fusion Gene抗原肽
MHCI親和性預(yù)測
抗原打分排序算法
加入TESLA共建neoantigen算法國際標(biāo)準(zhǔn)

新生抗原檢測算法TruNeo?經(jīng)TESLA驗證

TruNeo?=生物學(xué)推演+機(jī)器學(xué)習(xí)+實(shí)驗驗證

常見新生抗原算法在每個分析階段確定的基因組變異經(jīng)過篩選后,最后驗證為免疫原性的肽段數(shù)量不到10%,裕策生物自主開發(fā)的TruNeo?智能機(jī)器學(xué)習(xí)算法,納入新生抗原傳遞與識別的生物途徑多因素,使新生抗原檢測的準(zhǔn)確性更高;加入神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)深度學(xué)習(xí)算法優(yōu)化,經(jīng)過TESLA 和天梯計劃研究院多年積累,擁有經(jīng)過實(shí)驗驗證的新生抗原陰陽性數(shù)據(jù)庫、共有新生抗原數(shù)據(jù)庫,能夠提高預(yù)測的肽段數(shù)量。

高通量免疫原性雙重驗證平臺
EliSpot 體外驗證

采集外周血驗證PBMC中是否存在新生抗原特異性T細(xì)胞。


NESt 體外驗證

高通量體外驗證:驗證新生抗原免疫原性,并獲得有親和力的 TCR 的 CDR3 區(qū)的序列

PDTX 人源化小鼠體內(nèi)驗證

用于臨床前研究評估腫瘤新生抗原個性化免疫療法的療效


專于個性化免疫療法的新生抗原數(shù)據(jù)庫
數(shù)據(jù)庫積累
2016年

腫瘤細(xì)胞系表達(dá)數(shù)據(jù)庫:CCLE 1,000+

中國人群HLA數(shù)據(jù)庫:20,000+

腫瘤患者數(shù)據(jù)庫:ICGC 100,000+/中國人群1,000+


2017年

腫瘤高頻新生抗原庫

結(jié)腸癌的蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)

2018年

錨定殘基數(shù)據(jù)庫

MHC識別/TAP轉(zhuǎn)運(yùn)/蛋白酶裂解數(shù)據(jù)庫

2019年

血液腫瘤融合基因來源的新生抗原庫

TESLA及自有驗證數(shù)據(jù)

HPV病毒新生抗原庫

2020年

AI質(zhì)譜驗證數(shù)據(jù)

天梯計劃數(shù)據(jù)庫及其他自有數(shù)據(jù)庫

算法的升級

依托龐大的數(shù)據(jù)庫,深厚的生物信息技術(shù)和計算資源平臺,建立國內(nèi)首個針對新生抗原全類型(I型、II型MHC遞呈,插入缺失、融合來源的新生抗原)的預(yù)測平臺

基于TESLA驗證數(shù)據(jù)優(yōu)化算法,算法準(zhǔn)確性達(dá)到全球領(lǐng)先水平



功能模塊不斷優(yōu)化。建立國內(nèi)唯一覆蓋腫瘤新生抗原產(chǎn)生過程全部生物學(xué)環(huán)節(jié)的系統(tǒng)算法模型



建立國內(nèi)首個基于深度學(xué)習(xí)的新生抗原算法模型




裕策生物多維腫瘤免疫檢測平臺
基因測序平臺
華大智造DNBSEQ-T7
華大智造MGISEQ-2000
表達(dá)分析平臺
NanoString nCounter??FLEX
空間表達(dá)分析平臺
NanoString GeoMx? Digital Spatial Profiler
流式細(xì)胞分析平臺
安捷倫 NovoCyte? Flow Cytometer
病理分析平臺
Leica Bond-RX 全自動染片機(jī)
Akoya Vectra Polaris? 全自動定量病理成像系統(tǒng)
Dako 全自動免疫組化染色系統(tǒng)
循環(huán)蛋白質(zhì)組學(xué)檢測平臺
Olink Signature Q100
nCounter平臺介紹

依托裕策生物的中心實(shí)驗室服務(wù)平臺,廣大科研工作者將可以在大量臨床樣本中高效地應(yīng)用nCounter技術(shù)以及TIS(Tumor inflammation signature,腫瘤發(fā)炎指數(shù))對復(fù)雜的腫瘤微環(huán)境,細(xì)胞信號通路進(jìn)行深度解析。


IO360 (Immnuno-Oncology 360)

PanCancer IO 360?基因表達(dá)panel是NanoString開發(fā)的一個可檢測770基因表達(dá)的Panel,僅供研究使用(RUO),它結(jié)合了涉及腫瘤,微環(huán)境和癌癥免疫反應(yīng)之間復(fù)雜相互作用的重要部分,可以提供疾病生物學(xué)多方面的表征和免疫逃逸的機(jī)制的信息。


更高效:770個基因&18個免疫信號通路

更精準(zhǔn): 48個生物學(xué)特征譜

更快速: 24h出報告

TIS (Tumor Inflammation Signature)腫瘤發(fā)炎指數(shù)

它來源于默克公司的臨床數(shù)據(jù),經(jīng)過在泛癌中的驗證,可以通過18個基因的GEPs數(shù)據(jù)預(yù)測對PD-1抗體單藥K藥(Pembrolizumab)的反應(yīng)。



它量化了腫瘤微環(huán)境中外周抑制的適應(yīng)性免疫反應(yīng)的強(qiáng)度。

GeoMx? DSP 平臺介紹

裕策生物可提供高通量、多組學(xué)和彈性選擇區(qū)域的多組學(xué)組織原位表達(dá)分析服務(wù)。

GeoMx? DSP 是 NanoString 最新發(fā)布的用于空間生物學(xué)研究的技術(shù)平臺,可同時實(shí)現(xiàn)高參數(shù),多組學(xué),高精度并且同時兼容石蠟樣本(FFPE)、新鮮冷凍樣本、組織微陣列等不同樣本類型。它可以在同一臨床樣本中一次性測定多達(dá) 96 個蛋白,又或者1833個 RNA 靶物或者全轉(zhuǎn)錄組的測定,完美實(shí)現(xiàn)多組學(xué)研究。

Multiplex IHC平臺介紹
Leica
多標(biāo)染色

? Leica Bond-RX全自動染片機(jī)

? 不依賴于人工染色,穩(wěn)定性高

? 程序可控,可重復(fù)性高

Akoya Biosciences
多標(biāo)染色

? 多色免疫組化&免疫熒光

? Opal?多標(biāo)試劑盒

? TSA Plus?信號放大

自動化采樣

? 特定組織類型&TMA組織芯片

? Vectra自動化成像

智能分析

? 人工智能,機(jī)器學(xué)習(xí)

? InForm Tissue Finder?軟件可以結(jié)合給予的示例進(jìn)行數(shù)據(jù)優(yōu)化

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