近期，帕克癌癥免疫治療研究所（PICI）和癌癥研究所（CRI）聯(lián)合裕策生物等36個(gè)機(jī)構(gòu)，共同揭示了個(gè)性化免疫療法的關(guān)鍵，相關(guān)研究進(jìn)展于2020年10月9日（Oct 9 at 8am PT）發(fā)表在Cell 雜志上，致敬所有的研究人員！
新生抗原是癌癥突變產(chǎn)生的微小標(biāo)志物，作為腫瘤細(xì)胞的標(biāo)志，可能是解鎖“新一代”個(gè)體化腫瘤免疫療法的關(guān)鍵。靶向癌癥疫苗或細(xì)胞療法中的“真的”新生抗原，能夠以非常小的副作用治療癌癥。但是腫瘤中可能存在數(shù)百種突變，只有少數(shù)突變會(huì)導(dǎo)致新生抗原，可以引發(fā)針對癌癥的免疫反應(yīng)。所以最核心的問題是，如何辨別一個(gè)“真的”新生抗原？
由帕克癌癥免疫療法研究所（PICI）和癌癥研究所（CRI）發(fā)起的名為腫瘤新生抗原篩選聯(lián)盟Tumor Neoantigen Selection Alliance (TESLA) 的科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)了可以更好地預(yù)測哪些新生抗原可以激活治療癌癥作用的算法模型和核心參數(shù)。TESLA匯聚了包括裕策生物在內(nèi)的36個(gè)頂尖的生物技術(shù)、制藥、大學(xué)和非營利性科研團(tuán)隊(duì)，相關(guān)研究進(jìn)展于10月9日發(fā)表在Cell 雜志上，這無疑將催生新一代更有效，更個(gè)性化的癌癥免疫療法，也代表著基于新生抗原的個(gè)體化免疫療法新時(shí)代已經(jīng)到來！
通過計(jì)算分析，該聯(lián)盟發(fā)現(xiàn)了五個(gè)特征，這些特征有力地表明了哪些癌癥標(biāo)記最有可能產(chǎn)生免疫反應(yīng)。這些特征又可以分為兩大類：新生抗原在腫瘤細(xì)胞上的呈遞方式以及免疫系統(tǒng)如何識別新生抗原。
科學(xué)家們對另一組強(qiáng)調(diào)這五個(gè)特征的數(shù)據(jù)模型的癌癥樣本進(jìn)行測試時(shí)，它可以準(zhǔn)確預(yù)測出75％的有效新生抗原靶標(biāo)，并過濾排除98％的無效新靶標(biāo)。
PICI首席數(shù)據(jù)科學(xué)家，該研究的通訊作者Daniel Wells博士說：“我們的目標(biāo)是，在開發(fā)基于新生抗原的個(gè)體化療法時(shí)，TESLA產(chǎn)生的數(shù)據(jù)就是行業(yè)的參考標(biāo)準(zhǔn)?！薄叭绻糠N新舊方法都使用數(shù)據(jù)作為基準(zhǔn)來預(yù)測他們的預(yù)測結(jié)果，那么整個(gè)新生抗原領(lǐng)域?qū)⒛軌蚋斓貐f(xié)作和迭代新方法?！蓖査古c論文的共同資深作者納丁·德夫蘭努克斯（Nadine Defranoux）共同領(lǐng)導(dǎo)了TESLA。
為了達(dá)到行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的目標(biāo)，每個(gè)TESLA團(tuán)隊(duì)都向開放科學(xué)非營利組織Sage Bionetworks提交了有關(guān)黑素瘤和非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）組織的最有可能的新生抗原預(yù)測。然后，PICI進(jìn)行了交叉比較并驗(yàn)證了哪些預(yù)測是正確的，可以被T細(xì)胞識別。
當(dāng)五個(gè)新發(fā)現(xiàn)的特征被重新應(yīng)用到參與團(tuán)隊(duì)的算法中時(shí)，這些預(yù)測結(jié)果得到了明顯改善。
“迄今為止，新生抗原預(yù)測一直是一個(gè)黑匣子。我們揭示了幾個(gè)最重要的特征，TESLA的數(shù)據(jù)模型是第一個(gè)將這五個(gè)特征識別為重要特征的模型?！敝男律乖瓕＜?、該論文的共同資深作者、教授Robert D. Schreiber博士說。
研究結(jié)果還表明，沒有兩種預(yù)測方法結(jié)果是相同的，而且大多數(shù)方法都存在顯著差異。沒有任何一個(gè)團(tuán)隊(duì)可以識別所有的新生抗原，或者大多數(shù)癌癥biomarker，這也表明需要像TESLA這樣的聯(lián)盟協(xié)調(diào)行業(yè)共同發(fā)展。
除了黑色素瘤和非小細(xì)胞肺癌，其他癌癥類型還需要進(jìn)一步研究，但目前的發(fā)現(xiàn)不可否認(rèn)是新生抗原研究的歷史進(jìn)程中邁出的重要節(jié)點(diǎn)之一。
“這項(xiàng)研究具有改善藥企和研究人員的數(shù)學(xué)算法模型的潛力。它可以優(yōu)先考慮每個(gè)患者的癌癥中最有可能出現(xiàn)的抗原，并且是免疫系統(tǒng)最容易識別的抗原。這意味著更好地進(jìn)行個(gè)體化的治療藥物的開發(fā)?！盤ICI 研發(fā)副總裁Lisa Butterfield博士說，“我們很高興看到在新生抗原領(lǐng)域?qū)⑦@些發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)化并應(yīng)用?！?/p>
完整的TESLA數(shù)據(jù)集是目前同類數(shù)據(jù)中最大的，且可供研究團(tuán)體免費(fèi)使用。希望它可以加速個(gè)性化療法的發(fā)展，甚至提高全世界癌癥患者的療效。
文章詳情
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31156-9
關(guān)于新生抗原
新生抗原是存在于癌細(xì)胞表面但在正常組織中不存在的標(biāo)志物，是非常有吸引力的藥物靶點(diǎn)候選biomarker。它們通常源于隨著腫瘤細(xì)胞迅速分裂和繁殖而發(fā)生的突變。免疫系統(tǒng)可以將這些標(biāo)記識別為“外源”，從而靶向地破壞癌細(xì)胞。為了預(yù)測哪些新生抗原會(huì)出現(xiàn)在患者的腫瘤上，研究人員開發(fā)了軟件來分析腫瘤DNA序列，并輸出免疫系統(tǒng)最可能識別的獨(dú)特標(biāo)記集。
方法
參與研究的小組從正常，黑色素瘤和非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）組織中獲得了基因序列。使用每個(gè)實(shí)驗(yàn)室的算法，每組輸出一組預(yù)測的新生抗原，這些新生抗原預(yù)計(jì)將存在于腫瘤細(xì)胞上并被免疫系統(tǒng)識別。然后，通過一系列實(shí)驗(yàn)對預(yù)測的新生抗原進(jìn)行驗(yàn)證，以評估哪些預(yù)測結(jié)果最有可能是正確的并且可以被T細(xì)胞識別。通過這項(xiàng)工作，PICI與每個(gè)參與者共享數(shù)據(jù)，以告知并進(jìn)一步改善他們的算法，提升個(gè)性化新生抗原療法對癌癥的潛在有效性。
參與組織
參與研究的機(jī)構(gòu)包括麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)、加州理工學(xué)院、達(dá)納-法伯癌癥研究所、賓夕法尼亞大學(xué)、Institute for Systems Biology、 the La Jolla Institute for Immunology、the New York Genome Center、 Roswell Park Comprehensive Cancer Center、Sage Bionetworks、The Tisch Cancer Institute at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai、the University of California、Santa Cruz、The Carole and Ray Neag Comprehensive Cancer Center at UConn Health and the Washington University School of Medicine.
國際上的非營利組織有the University of Lausanne and the Ludwig Institute for Cancer Research、Lausanne、 the National Center for Tumor Diseases at Heidelberg University Hospital、Netherlands Cancer Institute、 SIB Swiss Institute of Bioinformatics、and TRON – Translational Oncology at the University Medical Center of the Johannes Gutenberg-University Mainz Non-profit GmbH joined the projec.
來自企業(yè)的參與者包括裕策生物、Advaxis、Amgen、AstraZeneca、BGI Group (GenoImmune)、BioNTech SE、Bristol Myers Squibb、 EpiVax、Genentech、a member of the Roche Group、 ISA Pharmaceuticals、MedGenome、 Personalis, Inc.、Seven Bridges、 Tempus Labs.
組織樣本由加州大學(xué)洛杉磯分校綜合癌癥中心和斯隆·凱特琳紀(jì)念癌癥中心提供。
關(guān)于帕克癌癥免疫療法研究所
帕克癌癥免疫療法研究所（PICI）正在從根本上改變癌癥研究的方式。這家總部位于舊金山的非營利組織是2016年由硅谷企業(yè)家和慈善家肖恩·帕克（Sean Parker）出資2.5億美元建立的，是美國領(lǐng)先的免疫療法研究人員與癌癥中心（包括紀(jì)念斯隆·凱特琳癌癥中心、斯坦福大學(xué)、美國大學(xué)、加利福尼亞、洛杉磯、加利福尼亞大學(xué)、舊金山大學(xué)、賓夕法尼亞大學(xué)和德克薩斯大學(xué)MD安德森癌癥中心）之間前所未有的合作模式。研究所還為其他機(jī)構(gòu)的頂尖研究人員提供支持，其中包括希望之城、達(dá)納-法伯癌癥研究所、弗雷德·哈欽森癌癥研究中心、西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院、系統(tǒng)生物學(xué)研究所和圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院。通過與學(xué)術(shù)界、行業(yè)界和非營利組織合作伙伴結(jié)成聯(lián)盟，PICI在大膽的研究上大賭注，以實(shí)現(xiàn)其使命：加速突破性免疫療法的發(fā)展，將所有癌癥轉(zhuǎn)化為可治愈的疾病。有關(guān)更多信息，請?jiān)L問http://www.parkerici.org.
關(guān)于癌癥研究所
癌癥研究所（CRI）成立于1953年，是美國一家廣受好評的非營利組織，致力于通過推動(dòng)發(fā)現(xiàn)和開發(fā)針對所有癌癥免疫療法來挽救更多生命。在全球知名的科學(xué)咨詢委員會(huì)的指導(dǎo)下，CRI 投資了4.45億美元，以支持免疫學(xué)家和腫瘤免疫學(xué)家在世界領(lǐng)先的醫(yī)學(xué)中心和大學(xué)進(jìn)行研究，該委員會(huì)由四名諾貝爾獎(jiǎng)獲得者和美國國家科學(xué)院的26名成員組成。為許多重要的科學(xué)進(jìn)展做出了貢獻(xiàn)，這些進(jìn)展證明了免疫療法改變癌癥治療方式的潛力。了解更多信息，請?jiān)L問http://www.cancerresearch.org.
關(guān)于裕泰抗原
深圳裕泰抗原科技有限公司（簡稱：裕泰抗原）系深圳裕策生物科技有限公司（簡稱：裕策生物）全資子公司，專注于腫瘤免疫新藥臨床研發(fā)服務(wù)的國際領(lǐng)先企業(yè)，公司擁有國際領(lǐng)先的新生抗原檢測驗(yàn)證平臺TruNeo?、多組學(xué)腫瘤免疫轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)及生物標(biāo)志物開發(fā)平臺。致力于為腫瘤免疫領(lǐng)域的藥物研發(fā)合作伙伴提供新生抗原CDMO、Biomarker伴隨診斷開發(fā)、中心實(shí)驗(yàn)室檢測和患者招募的全方位一站式服務(wù)，助力中國腫瘤免疫創(chuàng)新藥研發(fā)。2017年，裕策生物成為亞洲首個(gè)腫瘤新生抗原篩查聯(lián)盟（TESLA）成員，參與了全部輪次的新生抗原預(yù)測工作，表現(xiàn)突出。詳情請?jiān)L問：www.joyarts.net.
關(guān)于裕策生物
裕策生物成立于2015年，秉承以患者為中心，改善腫瘤診療為己任，“讓腫瘤免疫更有效”為使命，圍繞腫瘤精準(zhǔn)免疫治療的基因檢測服務(wù)，以“基因”+“免疫”為雙翼，將腫瘤基因組、免疫微環(huán)境有機(jī)結(jié)合，是腫瘤精準(zhǔn)免疫治療基因檢測的先行者與開拓者。裕策生物聚焦于免疫診斷產(chǎn)品的開發(fā)，核心產(chǎn)品主要包括YuceOne?ICIs、YuceOne?Plus和 bTMB。2020年4月16日，裕策生物成為中國食品藥品檢定研究院腫瘤突變負(fù)荷（TMB）檢測國家參考品協(xié)作單位之一，對于國內(nèi)TMB標(biāo)準(zhǔn)化檢測具有里程碑式意義，醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)完成上萬例腫瘤樣本的檢測。裕策生物的愿景是成為中國腫瘤免疫診療第一品牌。詳情請?jiān)L問公司網(wǎng)站：www.joyarts.net.
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